松果体调节我们睡眠模式和昼夜节律，唯一保持孤立于血脑屏障系统，并接收比身体的任何其他地区较高百分比的血流量。
松果体分泌重要的褪黑色素，这种荷尔蒙会影响身体的苏醒和睡眠与生物周期。人和动物的生理发展也与之有关，松果体会根据所接收的光量调整褪黑激素分泌量，通常睡眠时大量分泌，因此被视为人体重要的时钟。松果体在夜间十一时，至隔日凌晨二时分泌褪黑激素最旺盛，清晨以后分泌量急降。冬天白昼时数缩短，也会导致这种荷尔蒙分泌的时间延后或提前，因而产生季节性情绪失调症，人变得忧郁、没精神。年纪也会影响松果体分泌褪黑激素的浓度，在出生后至六岁期间，达到最高峰，而后随年龄下降。年长的人松果体可能完全停止分泌这种荷尔蒙。我们白天的身心活动，需要大量负责神经传输功能的血清张力素，这种化合物与褪黑激素息息相关，其分泌量与褪黑激素成反比，血清张力素在夜间的浓度低得多。松果体在代谢褪黑激素时也会制造神经化合物松香烃。近期研究指出，松烃主导引发睡眠时做梦的现象。专家认为，松果体若配合控制人体生物时钟的下丘脑，会影响老化的过程

许多人认为这是我们的生物学第三只眼，“灵魂的座位”“启蒙的中心”。
科学家发现松果体的结构与功能类似眼睛，这个腺体可能是退化了的眼睛。因为松果体具有和眼睛一样的视网膜细胞，在一些爬行动物体内仍然包含“杆状细胞”和“筒状细胞”。它能直接感知光线并作出反应，影响身体的醒睡模式与季节周期。例如人们在阳光明媚的日子里会感到心情舒畅、精力充沛、睡眠减少。反之，遇到细雨连绵的阴霾天气则会情绪低沉、郁郁寡欢、常思睡眠。这一现象正是松果体在“作祟”。

十七世纪伟大的法国哲学家笛卡儿，称松果体是（灵魂的宝座）他写于一六四九年的着作《论灵魂之情》周延地探讨这种腺体，他在这本名着中表明他相信身体有灵魂。我们要知道灵魂是与全身相连，不能说它只在身体某个部位，而跟其他毫无关联。不过他特别提到，体内的松果体，是唯一的例外，我们体内有个部位的功能有别于身体其他组织，灵魂不是在心脏，或整个脑部，直接发挥功能，而是从脑部深处有个极小的腺体，悬于脑部中央一处，供脑部前后方的心神，互相联系的通道上，这个腺体有一个细微的变动，心神状态会大为改变，而心神有一丝改变也会反过来改变这个腺体的运作。

世界各大宗教、文化与传统信仰，都有文献探讨松果体。纵观人类历史记录，松果体曾经被作为人类精神启蒙的象征代表，自古以来它又称神秘的第六脉轮或第三眼，是知识与大智慧之眼，它是整个历史的神圣象征。